sous Linux, j'utilise latexmk et je m'étonne qu'il ne prenne pas en compte les commandes de glossaire, m'obligeant à lancer moi-même makeglossaries puis xelatex 2 fois pour voir apparaître le glossaire, demandé avec la commande \printglossary.

Mes commandes de glossaires sont:

\usepackage[xindy]{glossaries}
\loadglsentries{glossaireDebianCaroline.tex}
\makeglossaries

des commandes gls dans le texte,

puis

\printglossary

le fichier .latexmkrc est le suivant:

# Utilise XeLaTeX:
$pdf_mode = 5;
$postscript_mode = $dvi_mode = 0;
# Active --shell-escape:
set_tex_cmds( '--shell-escape %O %S ' );
#
# Pour que latexmk utilise texindy au lieu de makeindex
# -C utf8 ⇒ classement avec D, E, É, È,Ê... N, 0, Œ, ...
$makeindex = "texindy -L french -C utf8"

J'ai bien vu dans man latexmk qu'il est possible d'indiquer une suite de commandes dans .latexmkrc pour makeindex et pour glossaries, mais n'étant ni anglophone ni informaticien je n'y ai rien compris.

L'ECM:

\documentclass[french]{scrartcl}
\usepackage[ttscale=0.85]{libertine}
% Glossaire:
\usepackage[xindy]{glossaries}
\loadglsentries{glossaireDebianCaroline.tex}
\makeglossaries
\usepackage[french]{babel}
\begin{document}
\ldots

\paragraph{\Gls{part}} La première chose à savoir\ldots

Ici, il y a 5 \gls{part}: l'une est sur laquelle est montée le \gls{dir}\ldots

\printglossary[title=Glossaire d'Éric pour Caroline]

\end{document}

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