Est-il possible de faire figurer le logo du laboratoire en page de titre avec la classe yathesis ?

Ce n'est pas prévu ainsi. Il est en revanche toujours possible de « tricher » par exemple en :

1. créant une image unique (example-image-a dans l'exemple ci-dessous) contenant les logos de l'université et de l'entreprise (a priori séparés par un blanc horizontal) saisie comme « logo » de l'institut ;

2. mettre le logo du laboratoire (example-image-b dans l'exemple ci-dessous) dans la commande définissant l'entreprise.

   Ouvrir dans l'éditeur

   \documentclass[mainlanguage=english]{yathesis}
   \usepackage[T1]{fontenc}
   \usepackage[utf8]{inputenc}
   \usepackage{mwe}
   %
   \pres[logo=example-image]{My COMUE}
   \institute[logo=example-image-a]{My Institute}
   \company[logo=example-image-b]{My Company}
   \laboratory[logo=example-image-b]{My Laboratory}{Address of my laboratory}
   %
   \begin{document}
   \title[Fou]{Foo}
   \author[chupin@ljll.math.upmc.fr]{Maxime}{Chupin}
   \maketitle
   %
   \makelaboratory
   \end{document}