Cycles imbriqués avec chemfig

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Je cherche à dessiner une molécule qui comprend plusieurs cycles imbriqués. Je ne suis pas satisfait du rendu de certains sommets des cycles et ne trouve pas de solution dans la doc de chemfig (en français ici). Peut-être quelqu'un sait-il faire ça bien ?

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\documentclass{report}

\usepackage{chemfig}

\begin{document}

\chemfig{C*6((-H_3C)-CH=C*6(-C(=O)-C*6(-CH=C*6(-NH-C*6(-CH=CH-C(-CH_3)=CH?[4])=C?[4]-C?[3](=O))-C?[3]=CH?[2])=C?[2]-[,,1]NH?[1])-C?[1]=CH-HC=[,,2])}

\end{document}

Posée 05 Avr '17, 14:43

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christophe
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Modifiée 10 Aoû '17, 14:20

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Pathe ♦♦
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@christophe Les formules de politesse et les signatures sont à éviter : celle(s) de votre contribution a (ont) été supprimée(s).

(05 Avr '17, 14:45) denis ♦♦ denis's gravatar image

@christophe Attention ! Les contre-obliques (\) saisies telles quelles dans les contributions ne sont visibles que si elles sont insérées en tant que ⟨code⟩. Pour insérer du ⟨code⟩, notamment des commandes LaTeX, cf. la FAQ Comment mettre en forme ma contribution ?. Merci de corriger votre contribution si cela n'a pas déjà été fait.

(05 Avr '17, 14:46) denis ♦♦ denis's gravatar image

Qu'entendez-vous par "pas satisfait du rendu de certains sommets" ? Vous voulez positionner les H à l'extérieur ?

(06 Avr '17, 16:25) DRI DRI's gravatar image

Non, je souhaiterai par exemple que la liaison C-NH ou C-CH des cycles 2,3 et 5 arrive au premier atome (donc N et C) et pas le H. D'autre part, on peut voir que le C=O du quatrième cycle n'est pas centré.

(06 Avr '17, 16:38) christophe christophe's gravatar image

@christophe Attention ! Cette réponse était un commentaire plutôt qu'une réponse et a été convertie comme tel.

(06 Avr '17, 16:39) denis ♦♦ denis's gravatar image
2 réponses :
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Voulez-vous quelque chose comme ceci (solution 1) :

\chemfig{C*6((-H_3C)-C(-[:-90]H)=C*6(-C(=O)-C*6(-C(-[:-90]H)=C*6(-N(-[:-90]H)-C*6(-C(-[:-90]H)=C(-[:-30]H)-C(-CH_3)=C(-[:90]H)-)=C-C(=O)-)-C=C(-[:90]H)-)=C-N(-[:90]H)-)-C=C(-[:90]H)-C(-[:150]H)=)}

Personnellement, je préfère cela (solution 2) :

\chemfig{*6((-H_3C)-=*6(-(=O)-*6(-=*6(-N(-[:-90]H)-*6(-=-(-CH_3)=[4]-)=[4]-[3](=O)-)-[3]=[2]-)=[2]-N(-[:90]H)-)-=-=)}

Une version améliorée de la solution 1 (mais pas totalement satisfaisante) serait celle-ci (solution 3) :

\chemfig{C*6((-H_3C)-[,,,1]CH=[,,1,1]C*6(-C(=O)-C*6(-[,,,1]CH=[,,1,1]C*6(-[,,,1]NH-[,,1]C*6(-[,,,1]CH=[,,1,1]CH-C(-CH_3)=[:120,,,1]CH?[4])=[,,1,1]C?[4]-C?[3](=O))-C?[3]=[,,,1]CH?[2])=[,,1,1]C?[2]-[,,,1]NH?[1])-[,,1]C?[1]=[,,,1]CH-[,,1,2]HC=[,,2])}

Il reste des imperfections sur la partie supérieure de certains cycles.

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Publiée 06 Avr '17, 16:46

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DRI
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Modifiée 10 Aoû '17, 14:22

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Pathe ♦♦
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Je viens de lire votre réponse à mon commentaire, je vais essayer d'améliorer ma réponse en conservant les H liés aux C ou N.

(06 Avr '17, 16:50) DRI DRI's gravatar image

Je préfère la deuxième proposition aussi mais c'est l'objet d'une question du devoir !!!!

(06 Avr '17, 17:04) christophe christophe's gravatar image

Je n'ai pas mieux que ceci : \chemfig{C*6((-H_3C)-[,,,1]CH=[,,1,1]C*6(-C(=O)-C*6(-[,,,1]CH=[,,1,1]C*6(-[,,,1]NH-[,,1]C*6(-[,,,1]CH=[,,1,1]CH-C(-CH_3)=[:120,,,1]CH?[4])=[,,1,1]C?[4]-C?[3](=O))-C?[3]=[,,,1]CH?[2])=[,,1,1]C?[2]-[,,,1]NH?[1])-[,,1]C?[1]=[,,,1]CH-[,,1,2]HC=[,,2])} qui n'est pas totalement satisfaisant, les cycles sont plus réguliers, mais il y a 3 liaisons en haut qui sont mal orientées, alors que curieusement, en bas c'est correct.

(06 Avr '17, 18:26) DRI DRI's gravatar image

@christophe Attention ! Votre réponse relative à la meilleure option était un commentaire plutôt qu'une réponse et a été convertie comme tel. Par ailleurs, si c'est l'objet d'une question du devoir, et que vous êtes enseignant, l'un de vos étudiants ne risque-t-il pas de trouver ici-même de quoi améliorer sa note ?

(07 Avr '17, 07:38) Pathe ♦♦ Pathe's gravatar image
0

C'est en effet un peu mieux. Je l'ai un peu retouché pour donner ceci :

\chemfig{C*6((-H_3C)-[,,,1]CH=[,,2,1]C*6(-C(=O)-C*6(-[,,,1]CH=[,,2,1]C*6(-[,,,1]NH-[,,2,1]C*6(-[,,,1]CH=[,,2,1]CH-C(-CH_3)=[:120,,,2]CH?[4])=[,,1,1]C?[4]-C?[3](=O))-C?[3]=[,,,2]CH?[2])=[,,1,1]C?[2]-[,,,2]NH?[1])-[,,1,1]C?[1]=[,,,2]CH-[,,1,2]HC=[,,2])}

Il reste en effet des imperfections ...

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Publiée 07 Avr '17, 11:40

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christophe
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Cela revient quasiment à votre solution de départ, certains cycles sont distordus (en particulier celui avec le deuxième carbonyle) et les liasons ne pointent plus vers les atomes de C ou N, mais vers les groupes (CH) ou (NH).

(07 Avr '17, 12:26) DRI DRI's gravatar image

Je n'ai pas bien compris quel est l'objet du devoir ? si c'est de représenter tous les atomes avec le nombre d'atome d'hydrogène adéquat, ma solution 1 est acceptable (moyennant un ajustement des liaisons CH), si vous voulez que les liaisons définissant les cycles passent par les atomes de C ou N, il faut accepter que les atomes H soient décalés (comme dans ma solution 3 avec les réserves que jai formulées).

(07 Avr '17, 12:26) DRI DRI's gravatar image

Mais je ne comprends toujours pas pourquoi dans cette solution 3 le bas est correct, mais pas le haut. Peut-être une question de valeur d'angle (cf. section 5, page 11 de la notice, version 1.2d) ?

(07 Avr '17, 12:27) DRI DRI's gravatar image
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