Quand on regarde dans le code (pgfmoduleshapes.code.tex), (`pgfmoduleshapes.code.tex`), en effet, les lignes 1189 et 1198 divisent un compteur par 255 alors qu'elles devraient diviser par 256. En modifiant ces deux lignes, le cercle vert arrive parfaitement au niveau de la grille.
Par ailleurs, il faut prendre en compte les erreurs d'arrondi : en faisant
\node [inner ysep=6cm, inner xsep=.16em,blue] {};
\node [inner ysep=6cm, inner xsep=.08em,blue] {};
\node [inner ysep=6cm, inner xsep=.04em,blue] {};
\node [inner ysep=6cm,red] {};
on ne voit toujours que le cercle rouge (qui a `xsep=0.3333em`)...