Pour l'espacement avec le bandeau du titre, j'ai remonté le texte au-dessus du graphique au moyen d'un `\raisebox{-1.5ex}[0pt]{...}` (l'argument optionnel est destiné à faire croire à LaTeX que la boîte  ainsi remontée a une hauteur nulle. nulle). D'utre part j'ai utilisé les arguments optionnels de l'environnment `columns`  quant à l'alignement des contenus de chaque colonne. Enfin, j'ai remplacé les deux équations  en écriture plain TeX ($$ ... $$) par un seul environnement `gather*`, séparées par un `\intertext{...}`, et j'ai utilisé pour l'exposant de `e` une fraction de taille moyenne (`\mfrac`, définie par `nccmath`) qui rend la formule plus avenante, à mon gré.
Voyez si le résultat vous convient, avec les vrais fichiers graphiques, que je n'ai pas et que j'ai donc remplcés par l'option `demo` de graphics.
    \documentclass[french,9pt, t , demo]{beamer}
    \usetheme{JuanLesPins}
    \setbeamercovered{transparent}
    \setbeamertemplate{headline}{} % enlève la ligne de navigation.
    \definecolor{bleuturquoise}{cmyk}{1.0,0.3,0.0,0.15}
    \usecolortheme[named=bleuturquoise]{structure}
    \usepackage{lmodern}
    \usepackage[french]{babel}
    \setbeamersize{text margin left = 2mm,
        text margin right = 2mm,}
    \usepackage{nccmath}
    \DeclareGraphicsExtensions{.jpg,.pdf,.png}
    \usepackage[locale=FR]{siunitx} % pour les unités
    \usepackage{mwe}
    \begin{document}
    
    \begin{frame}
        \frametitle{Démarche scientifique. Calcul d'une longueur de corrélation}
        \noindent
        \raisebox{1.5ex}[0pt]{Échantillon : 0206-Au SVA1000. Taille des images : $\SI{2,00}{\um} × \SI{2,00}{\um}$}\vspace*{-2ex }
        \hspace*{-3mm}
        \begin{columns}[T]
            \begin{column}{0.19\textwidth}
                \centering
                \includegraphics[clip,scale=0.085]
                {../../calcul-correlation-length/20200206-PGMEA-Au-ccl/SVA1000/20200206-C3-psp2vp-188k-PGMEA-2,5p-60micrL-rpm4000-30s-SVA1000-Au-spm6-version4.jpg}
                image AFM\\
            \end{column}
            \begin{column}{0.21\textwidth}
                \centering
                \includegraphics[clip,scale=0.17]
                {../../calcul-correlation-length/20200206-PGMEA-Au-ccl/SVA1000/20200206-C3-psp2vp-188k-PGMEA-2,5p-60micrL-rpm4000-30s-SVA1000-Au-spm6-aip-version5.jpg}
                image filtrée\
            \end{column}
            \begin{column}{0.19\textwidth}
                \centering
                \includegraphics[clip,scale=0.178]
                {../../calcul-correlation-length/20200206-PGMEA-Au-ccl/SVA1000/20200206-C3-psp2vp-188k-PGMEA-2,5p-60micrL-rpm4000-30s-SVA1000-Au-spm6-binarized3.jpg}
                image binaire\\
            \end{column}
            \begin{column}{0.19\textwidth}
                \centering
                \includegraphics[clip,scale=0.178]
                {../../calcul-correlation-length/20200206-PGMEA-Au-ccl/SVA1000/20200206-C3-psp2vp-188k-PGMEA-2,5p-60micrL-rpm4000-30s-SVA1000-Au-spm6-map3.jpg}\\
                carte d'orientation\\
            \end{column}
            \begin{column}{0.19\textwidth}
                \centering
                \includegraphics[clip,scale=0.178]
                {../../calcul-correlation-length/20200206-PGMEA-Au-ccl/SVA1000/20200206-C3-psp2vp-188k-PGMEA-2,5p-60micrL-rpm4000-30s-SVA1000-Au-spm6-defects3.jpg}\\
                carte des défauts
            \end{column}
        \end{columns}
        \begin{columns}[c]
            \begin{column}{0.60\textwidth}
                \centering
    \includegraphics[clip,scale=0.30]
    {../../calcul-correlation-length/20200206-PGMEA-Au-ccl/SVA1000/20200206-C3-psp2vp-188k-PGMEA-2,5p-60micrL-rpm4000-30s-SVA1000-Au-spm6-graph3-version2.jpg}\\
    graphe permettant d'extraire la longueur de corrélation
            \end{column}
            \begin{column}[c]{0.40\textwidth}
                \begingroup
                Fonction de corrélation :
    \begin{gather*}
                C(r-r')=\langle \cos (2 [φ(r) - φ(r')]) \rangle\\
     \intertext{modélisation :}
                C(r-r')=\smash[t]{e^{-\mfrac{r}{κ}}}
    \end{gather*}
                \endgroup%
            \end{column}
        \end{columns}
    \end{frame}
    \end{document} 
![alt text][1]
  [1]: https://texnique.fr/osqa/upfiles/pbplacementdetextedansunecolonne.png