J'encode mon fichier source en UTF8, j'y mets des vraies vrais accents, et je le compile avec LuaLaTeX (le moteur luatex).
Cela produit un fichier XML qui contient directement des accents, que Moodle importe sans problème.
[Une
*PS : une version précédente de ma réponse a été mangée par un souci technique.]technique.*