Le plus simple est sans doute d'utiliser la clef `copy-decimal-marker`. Siunitx définit aussi les clefs `input-decimal-marker` et `output-decimal-marker, `output-decimal-marker`, si besoin était.
Indépendamment de ce problème, ne mettez pas du texte en indice ou en exposant brut de décoffrage: les lettres qui le composent apparaîtront avec les espacements d'un produit de variables. D'autre part, employez les abréviations d'unités dans les commandes `\SI`ou `\si` ‒ cela vous évitera de la frappe inutile.
\documentclass[10pt, french]{report}
\usepackage{babel}
\usepackage{siunitx}
\sisetup{copy-decimal-marker}
\DecimalMathComma
\begin{document}
\noindent
zscale=automatic ; $z_{\min}=\SI{-3,19}{\nm}$ ; $z_{\max}=\SI{2,87}{\nm}$.\\
zscale=automatic ; $z_{\min}=\SI{-3.19}{\nm}$ ; $z_{\max}=\SI{2.87}{\nm}$.\\
\end{document}
![alt text][1]
[1]: https://texnique.fr/osqa/upfiles/remplacerpointdecimalparvirgule_PCbjoLa.png