La réponse se trouve dans [la documentation de `siunitx`][1] : il est possible de régler cela grâce à l'option `output-decimal-marker`.
\num[output-decimal-marker = {,}]{1.23}
\num[output-decimal-marker = {,}]{1,23}
Produiront Ces deux commandes produiront un « 1,23 ». L'option peut également être passée lors de l'importation du paquet pour être appliquée à tout le document :
\usepackage[output-decimal-marker={,}]{siunitx}
Ce que vous voulez vraiment est probablement plutôt le code suivant :
\usepackage[locale=FR]{siunitx}
Qui applique automatiquement les règles françaises d'affichage des nombres.
[1]: http://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/siunitx/siunitx.pdf
