Je reconnais que :
1. la documentation à ce sujet n'est pas très claire ;
2. il s'agit d'un bug (ça devrait marcher en option de `\documentclass`) ;
3. la solution que je vais donner ci-dessous est très mal documentée.
Il est dommage que vous ne me signaliez cela qu'aujourd'hui :) car j'ai envoyé sur le CTAN une nouvelle version de la classe que j'ai terminée à l'arraché hier soir car c'était la date limite pour les classes et packages qui figureront sur la TeX Live 2020...
La solution donnée par @touhami fonctionne. Une autre consiste à passer cette option en argument de la commande `\yadsetup` (nom malheureux, ça devrait plutôt être `\yathesissetup` ou `\yatsetup`) dont je m'aperçois à l'occasion de votre question qu'elle n'est pas documentée et simplement évoquée une fois dans la documentation (actuellement page 18 (28) : `\yadsetup{frametitle={⟨autre⟩}}`), qui ne peut être employée qu'en préambule. préambule :
\yadsetup{numlaboratories=2}