Le problème vient de `{\small \tableofcontents }`. En effet il me semble comme un bug de *koma-sript*.
Voici un ECM
ECM :
\documentclass[french]{scrreprt}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\begin{document}
{\tiny
\tableofcontents
}
\section{Titre 1}
\subsection{S/titre 1.1}
\end{document}
Pour résoudre ce problème il faut redéfinir la commande responsable
de la mise en page des entrées.
\documentclass[french]{scrreprt}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage{etoolbox}
\makeatletter
\patchcmd{\scr@dte@tocline}{\normalfont\normalsize}{}{}{}
\makeatother
\begin{document}
{\small
\tableofcontents
}
\section{Titre 1}
\subsection{S/titre 1.1}
\end{document}
