Indépendamment du caractère invisible, quand on annonce un encodage UTF8, autant en profier, profiter, et faire les lettres accentuées directement au clavier :
\documentclass{scrreprt}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[spanish,french]{babel}
\usepackage{mwe}
\begin{document}
Je ne parviens pas à faire accepter le tilde dans la phrase suivante :
Agrupación de guerrilleros españoles
Ben alors ? Quoi ?
\end{document}
![alt text][1]
[1]: https://texnique.fr/osqa/upfiles/pb_tilde.png