Voici une solution possible, qui insère des `\hskip` nuls, et donc perturbe l'agencement des nœuds dans la le paragraphe et donc, donc modifie les coupures (qui restent cependant correctes).
\documentclass[a4paper]{book}
\usepackage[a4paper]{geometry}
\usepackage{polyglossia,fontspec,hyperref}
\setmainfont{Linux Libertine O}
\setmainlanguage{greek}
\makeatletter
\def\Hy@raisedlink#1{%
\ifvmode
#1%
\else
\Hy@SaveSpaceFactor
\hskip\z@
\smash{%
\begingroup
\let\HyperRaiseLinkLength\@tempdima
\setlength\HyperRaiseLinkLength\HyperRaiseLinkDefault
\HyperRaiseLinkHook
\expandafter\endgroup
\expandafter\raise\the\HyperRaiseLinkLength\hbox{%
\Hy@RestoreSpaceFactor
#1%
\Hy@SaveSpaceFactor
}%
}%
\Hy@RestoreSpaceFactor
\hskip\z@
\fi
}
\newcommand\test{6. Καὶ δὴ τῷ κράτει
\edtext{τοῦ} \edtext{συγγενέος} \edtext{ἐπιθαρσήσας}, \edtext{οὐμενοῦν}
\edtext{εἴ τι} καὶ \edtext{δέοι} παθεῖν δείσας καλὴν ἑαυτῷ
τῆς εἰς Χριστὸν πίστεως, τὴν ἐν \edtext{Γράμματι} νομοθεσίαν,
ὑποβάθραν \edtext{προύθηκεν}. \edtext{Περιτυχὼν} γὰρ \edtext{τῶν},
\edtext{Μωσαικῶν} \edtext{βιβλίων}, καὶ \edtext{τῆς Ἐβραίων ἁπάσης Γραφῆς},
καὶ τούτοις ὡς μάλιστα φιλομαθῶς \edtext{ἐναπασχολήσας}τὸν νοῦν, καὶ
\edtext{ὅλος} \edtext{ὅλῳ} στοιχειωθεὶς,}
\begin{document}
\section{Good}
\def\edtext#1{#1}
\test
\section{Bad}
\def\edtext#1{\Hy@raisedlink{}#1\Hy@raisedlink{}}
\test
\end{document}
Voici comment sont modifiées les coupures :
![alt text][1]
[1]: http://texnique.fr:80/osqa/upfiles/capture_bcDViNb.png
