Synthèse des réponses.
Le mieux est de placer ses thèmes beamer personnels dans `/usr/local`. J'ai placé le mieux mien dans `/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/beamer/themes/theme`, ce qui implique de sauvegarder son contenu avant de passer à une version supérieure de Debian.
Pour être certain du dossier à créer pour accueillir le thème personnel : `kpsewhich --var-value=TEXMFHOME`. Chez moi, cela donne `/Users/nom/texmf`.