Il y a un erreur dans la figure `cartePALEOburdigaliencrouzel`: vous avez `[` mais pas `]`
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\usepackage[T1]{fontenc} % un second package
\usepackage[french]{babel} % un troisième package
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\begin{figure}[!ht]
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\caption[Carte paléogéographique du Burdigalien, zoom sur la zone sud modifiée d'après \citet{crouzel1975miocene}, légende sur la figure \ref{cartePALEOburdigalien}]{Carte paléogéographique du Burdigalien, zoom sur la zone sud modifiée d'après \citet{crouzel1975miocene}, légende sur la figure \ref{cartePALEOburdigalien}}
\label{cartePALEOburdigaliencrouzel}
\end{figure}
\end{document}
Commentaires :
- utiliser `\usepackage[parfill]{parskip}
\setlength{\parindent}{2em}` au lieu des tous les `\medskip`
- `hyperref` doit être après les autres l'extensions
