Bon, après fouille du code je pense avoir trouvé la réponse.
Avec l'option `multiple` de `footmisc`,
Foo\footnote{Blah}\footnote{Bleh}\footnote{Blih}
n'est pas l'équivalent en terme de dev de commande à
Foo\textsuperscript{1,2,3}
mais plutôt à
Foo\textsuperscript{1}\textsuperscript{,}\textsuperscript{2}\textsuperscript{,}\textsuperscript{3}
Ce qui revient au final, vu la définition de `\textsuperscript` à quelque chose comme
Foo$^1$$^,$$^2$$^,$$^3$
Et tu constate du reste l'équivalent via ce MWE:
\documentclass{article}
\providecommand*{\multiplefootnotemarker}{8sp}
\makeatletter
\usepackage[multiple]{footmisc}
\begin{document}
Foo\footnote{Blah}\footnote{Bleh}\footnote{Blih}
Foo$^1$$^,$$^2$$^,$$^3$
Foo\textsuperscript{1,2,3}
\end{document}
Du coup, ton espacement est simplement lié à l'espacement utilisé par TeX pour un `$^xx$`
Je `$^xx$`. Il peut se régler de manière global via `\scriptspace` (merci @unbonpetit). Mais il ne sais faut pas si le faire, car on peut régler au niveau TeX l'espacement lié au passage à l'expostant, et je ne suis pas sûr que ce soit une bonne idée.
La manière idée serait plutot de contourner cet espace dans la définition du caractère de séparation, ce que tu peux faire via
\renewcommand*{\multfootsep}{\kern-0.5pt,\kern-0.5pt}
perdrait l'espace en tout début d'appel de notes. Donc plutôt redéfinir `\multfootsep`.
\renewcommand*{\multfootsep}{\kern-\scriptspace,\kern-\scriptspace}
