Le détour par le fichier `.txt` est inutile. Vous pouvez directement utiliser un fichier `.csv` :
\documentclass{article}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents*}{fichier.csv}
header1, header2
ml;muScm;sec;dmuScmdml;C;muScm2;C2
1,2
0.000;266.158;3.997000;102.000000;22.8;266.158;22.8
3,4
5,6
7,8
1.000;366.158;4.997000;502.000000;32.8;366.158;32.8
\end{filecontents*}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}
\addplot table [x=header1, y=header2, [x=ml, y=muScm, col sep=comma] sep=semicolon] {fichier.csv};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
(`\begin{filecontents*}...\end{filecontents*}` est utilisé seulement pour cet exemple, vous n'en avez pas besoin pour votre document.)