On peut aussi régler le problème avec l'argument optionnel de `\\`, et des multirow dans toutes les colonnes, en jouant sur le fait que maintenant, le premier argument (le nombre de « lignes ») peut parfaitement être un nombre décimal, ce qui permet d'ajuster au mieux) mieux :
\documentclass[mainlanguage=english]{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{ragged2e}
\usepackage{array}
\usepackage{cellspace}
\usepackage{multirow, caption}
\setlength{\cellspacetoplimit}{3pt} %J'utilise pour d'autre tableaux
\setlength{\cellspacebottomlimit}{3pt}
\begin{document}
\begin{table} [htb!]
\centering
\caption{Légende}
\label{bcc_pdt}
{\footnotesize
\begin{tabular}{|S{p{1.3cm}}|p{1cm}|p{3cm}| >{\RaggedRight}p{3cm}|p{3cm}|p{3cm}|p{0.75 cm}|}
\hline
Type & Patients & Med & Method & L & Results & Ref. \\
\hline
\multirow{4.5}{=}{Superficial} & \multirow{4.5}{=}{92} & \multirow{9}{=}{MED} & \multirow{9}{=}{ J'écris ici une très grande phrase qui décrit toutes les choses que j'ai pu lire dans cette référence. Et j'espère qu'elle ne va pas déborder sur la ligne du dessous} & \multirow{9}{=}{J'écris une plus petite phrase} & \multirow{4.5}{=}{93\,\% at 3 months} & \multirow{9}{=}{Ref} \\[10ex]
\cline{1-2} \cline{6-6}
\multirow{4.5}{=}{Nodular} & \multirow{4.5}{=}{36} & & & & \multirow{4.5}{=}{82\,\% at 3 months} & \\[10ex]
\hline
Superficiel & 12 & MEL & cbvbv & vcdf & fd & fdh \\
\hline
\end{tabular}}
\end{table}
\end{document}
![alt text][1]
[1]: https://texnique.fr/osqa/upfiles/espaceverticaldanstableau.png