Une solution qui semble fonctionner avec les coordonnées symboliques.
Les `\phantom{}` servent à avoir des coordonnées uniques, mais sans affecter l'affichage.
\documentclass{minimal}
\usepackage{tikz}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.14}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
ybar,
width=12cm, height=7cm,
xlabel={Temps (min)},
ylabel={Pourcentage molaire},
symbolic x coords={
Run1, \phantom{1}2h, \phantom{1}4h,
Run2, \phantom{2}2h, \phantom{2}4h
},
xtick=data,
]
\addplot+ coordinates {
(Run1, 0) (\phantom{1}2h, 60) (\phantom{1}4h, 100)
(Run2, 0) (\phantom{2}2h, 50) (\phantom{2}4h, 80)
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}\end{tikzpicture}
\end{document}
