Il y à a quelque chose qui va pas entre l'option `linktocpage` de l'extension *hyperref* et la commande `\etocsettocstyle` de *etoc*. Cette commande est essentielle pour la configuration de la table des matières,
matières, mais pour quelqu'un qui n'est pas très exigeant le style de la classe *book* n'est pas mal.
Il suffit donc d'ajouter `\renewcommand{\etocsetstyle}[5]{}` au préambule.
\documentclass[localtocs]{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{kpfonts}
\usepackage[linktocpage]{hyperref}
\renewcommand{\etocsetstyle}[5]{}
\usepackage{mwe}
\begin{document}
\maketitle
%
% Sommaire
\tableofcontents[depth=chapter,name=Sommaire]
\mainmatter
\blinddocument
\blinddocument
\blinddocument
\backmatter
%
% Table des matières
\tableofcontents%[depth=subsection]
\end{document}