Le problème est corrigé par la version `0.99s` de 22-06-2018.
Une solution provisoire rapide est de redéfinir la commande `\YAD@unstarred@chapter` qui lance les chapitres non étoilés
\documentclass[localtocs]{yathesis}
\makeatletter
\AfterPreamble{%
\renewcommandtwoopt{\YAD@unstarred@chapter}[3][][]{%
\boolfalse{YAD@nonnumbered@chapter}%
\boolfalse{YAD@nonnumbered@section}%
\boolfalse{YAD@nonnumbered@subsection}%
\boolfalse{YAD@nonnumbered@subsubsection}%
\boolfalse{YAD@nonnumbered@paragraph}%
\boolfalse{YAD@nonnumbered@subparagraph}%
\if@mainmatter%
\YAD@setsecnumdepth{\YAD@secnumdepth}
\fi%
\YAD@tmp@chapter[#1][#2]{#3}%
}}
\makeatother
\begin{document}
\tableofcontents
\mainmatter
\chapter*{Intro}
\chapter{Chap1}
\section{Sec 1}
\subsection{subSec 1}
\subsubsection{subsubSec 1}
Test
\end{document}
