Le dysfonctionnement ne provenait en fait par pas de Windows, mais plutôt de l'éditeur TeXworks, dans lequel il fallait passer l'option ```$fullname``` à ```latexmk``` comme indiqué ici : [https://tex.stackexchange.com/questions/246566/latexmk-compiling-the-wrong-file-in-texworks][1].
[1]: https://tex.stackexchange.com/questions/246566/latexmk-compiling-the-wrong-file-in-texworks