Pour sortir un chapitre d'une les derniers chapitres d'un document de la dernière partie dans les marque-pages PDF (une table des matières affichée par le viewer PDF), vous pouvez utiliser le package `bookmark` et faire appel à sa commande `\bookmarksetup`.
Exemple :
\documentclass{book}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{bookmark}
\usepackage{minitoc}
\begin{document}
\doparttoc
\tableofcontents
\chapter*{Introduction}
\lipsum
\part{Titre partie 1}
\parttoc
\chapter{Titre chapitre 1}
\section{Titre section 1.1}
\lipsum
\bookmarksetup{startatroot}
\appendix
\chapter{Titre annexe}
\lipsum
\end{document}
