Vous pouvez faire Le problème ici est qu'on peut pas donner deux valeurs à une même clé (`addtotoc`), essayer de voir, par exemple, avec `\includepdf[pages = 1, angle=20, angle=60]{annexe.pdf}`
ou `\includepdf[pages = 1, pages = 2]{annexe.pdf}` donc la dernière valeur est prise en compte.
La syntaxe de la clé (option) `addtotoc` est comme suit
`addtotoc={<Entrées de TOC>}` avec
`<Entrées de TOC> --> <page>, <unité de sectionnement>, <niveau de sectionnement>, <Titre de l'entrée>, <label>[,<Entrées de TOC>]` où `[]` signifie que c'est facultatif.
Donc, les deux entrées peuvent être ajouter comme suit
\includepdf[pages = 3, pagecommand = {\pagestyle{scrheadings}},
addtotoc={3, subsection, 2, Deuxi\`eme section de l'annexe, label2,
3, subsection, 2, Troisi\`eme section de l'annexe, label3},
frame = true, scale = 0.9]{annexe.pdf}
En effet pas besoin d'insérer les pages le pdf page par page, dans l'ECM qui suit une seule commande `\includepdf` est utilisée (et un seul une seule `addtotoc`)
\documentclass[12pt, a4paper, french, BCOR = 0pt, DIV = 22]{scrartcl}
\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[light, largesmallcaps]{kpfonts}
\usepackage{scrlayer-scrpage}
\usepackage{lastpage}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{babel}
\begin{document}
\ifoot{\textsf{Titre}}
\cfoot{}
\ofoot{\textsf{\thepage/\pageref{LastPage}}}
\pagestyle{scrheadings}
\section{Introduction}
\lipsum[1]
\newpage
\section{Annexes}
\includepdf[pages = -, pagecommand = {\pagestyle{scrheadings}},
addtotoc={2, subsection, 2, Premi\`ere section de l'annexe, label1,
3, subsection, 2, Deuxi\`eme section de l'annexe, label2,
3, subsection, 2, Troisi\`eme section de l'annexe, label3,
4, subsection, 2, Quatri\`eme section de l'annexe, label4},
frame = true, scale = 0.9]{annexe.pdf}
\newpage
\tableofcontents
\end{document}
