Ici on vu veut appliquer le même style à toutes les pages, donc pas besoin d'utiliser le style `fancy`, il suffit de redéfinir le style `plain` et de l'appliquer globalement.
\documentclass[12pt,fleqn]{book}
\usepackage{lastpage}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{blindtext}
\fancypagestyle{plain}{%
\fancyhf{}
\cfoot{\thepage\,$|$\,\pageref{LastPage}}}
\pagestyle{plain}
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\tableofcontents
\Blinddocument
\end{document}