Bon, tout est dans la documentation de menukeys :
> menukeys
must be loaded after
xcolor
, if you load the latter with options.
Otherwise you’ll get an option clash Since
menukeys
loads
xcolor
internally
you may pass options as global options via
\documentclass
puis
> Using
hyperref
with the
colorlinks
options causes an option clash. If
you want colored links please load
hyperref
without
this option and load
menukeys
with
hyperrefcolorlinks
Je ne sais pas encore qui était responsable de mon problème mais ça semble être ça.
L'extension a été mise à jour en août 2016, je devais avoir une ancienne dans la version précédente de Fedora ; du coup le titre de la question n'a plus grand chose à voir avec le problème réel...
Brunoréel...