Je n'ai eu aucun problème avec l'E.C.M. l'ECM après que l'option `[safeinputenc]` a été virée. supprimée. Elle est destinée, si j'ai bien compris, au cas où vous auriez dans votre bibliographie des caractères *non* couverts par `utf8`, mais pour lesquels TeX a une macro (exemple typique dans la documentation de biblatex: `Ṣ`, traduit en TeX par `\d{S}`). Avec cette option, `biber` convertit les caractères non-ascii en macros TeX, et il semble qu'il ne le fasse pas toujours très bien.
Si vous n'en avez pas besoin, ce qui me paraît fort vraisemblable, vous supprimez l'option et obtenez un fichier .bbl en utf8, qui sera traité normalement:
\documentclass[12pt,space=onehalf,fncychap=Bjornstrup]{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage{csquotes}
\usepackage[backend=biber,sorting=none,style=numeric-comp]{biblatex}%,safeinputenc
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@article{defaye_les_2007-1,
title = {Les Cyclodextrines en Pharmacie : Perspectives pour le Ciblage d’Actifs Thérapeutiques et le Contrôle d’Interactions Membranaires},
volume = {65},
issn = {0003-4509},
url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003450907900152},
doi = {10.1016/S0003-4509(07)90015-2},
timestamp = {2017-07-03T09:51:11Z},
number = {1},
journaltitle = {Annales Pharmaceutiques Françaises},
shortjournal = {Annales Pharmaceutiques Françaises},
author = {Defaye, J. and García Fernández, J.-M. and Ortiz Mellet, C.},
date = {2007-01-01},
pages = {33--49},
keywords = {Applications en formulation,Ciblage,Cyclodextrines,Cyclodextrins,Effet héterocluster,Glycodendrimères,Glycodendrimers,Heterocluster effect,Interactions protéines-sucres,Lectines,Lectins,Multivalence,Multivalency,Nanoparticles,Nanoparticules,Neoglycoconjugates,Néoglycoconjugués,Pharmaceutical applications,Protein-carbohydrate interactions,Targeting},
groups = {Biblio thèse}
}
\end{filecontents}
\addbibresource{\jobname.bib}
\usepackage[xindy,acronyms,symbols]{glossaries}
\begin{document}
neurotoxiques \autocite{defaye_les_2007-1}.
\selectlanguage{french}
\nocite{*}
\printbibliography
\makeatletter\@openrightfalse
\chapter{CV et productions scientifiques}
blabla
\@openrighttrue\makeatother
\end{document}
![alt text][1]
[1]: http://texnique.fr:80/osqa/upfiles/problemebiblio.png
