Il suffit de décaler horizontalement vers la gauche de la moitié de la largeur de la barre verticale latérale qui est masquée, mais pas supprimée, sur les cadres ayant l'option `plain`.
\documentclass{beamer}
\usetheme{PaloAlto}
\begin{document}
\title{Moodle}
%
\begin{frame}[plain]
\maketitle
\end{frame}
%
\begingroup
\makeatletter
\setlength{\hoffset}{-.5\beamer@sidebarwidth}
\makeatother
\begin{frame}[plain]
\titlepage
\end{frame}
\endgroup
%
\end{document}
J'ai ouvert une « [issue][1] » à ce sujet et ça devrait bientôt être corrigé.
[1]: https://github.com/josephwright/beamer/issues/274
