Il suffit de le stipuler au moyen de `secnumdepth=subsubsection` à passer en option de `\documentclass`. Plus de détails à la section 8.1.3 « Profondeur de la numérotation » de la documentation de la classe.
L'exemple complet minimal suivant :
\documentclass[secnumdepth=subsubsection]{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{kpfonts}
\begin{document}
\mainmatter
\chapter{Blah}
\section{Bleh}
\subsection{Blih}
\subsubsection{Bloh}
\end{document}
donne :
![alt text][1]
Il convient de noter que :
1. la numérotation des chapitres, sections, etc. ne prennent effet que dans la partie principale, c'est-à-dire après `\mainmatter` ;
2. dans la partie principale, la numérotation des sections, sous-sections etc. a lieu dans les chapitres numérotés (`\chapter`) mais pas dans les chapitres non numérotés (`\chapter*`).
[1]: http://texnique.fr:80/osqa/upfiles/test_vNt16AP.png
