Une façon de s'en sortir est de recourir à l'une ou l'autre des options `hideothersubsections` ou `hideallsubsections` de la commande `\usetheme`, comme dans l'ECM suivant (qui, au passage, montre comment utiliser les options `sectionstyle` et `subsectionstyle` de la commande `\tableofcontents` pour éviter que les tables des matières apparaissant dans les transparents ne soient trop encombrées).
\documentclass[french,t]{beamer}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{babel}
\usetheme[hideothersubsections]{PaloAlto}
\AtBeginSection{%
\begin{frame}
\frametitle{Plan}
\tableofcontents[sectionstyle=show/shaded,subsectionstyle=hide]
\end{frame}
}
\AtBeginSubsection{%
\begin{frame}
\frametitle{Plan}
\tableofcontents[sectionstyle=show/hide,subsectionstyle=show/shaded/hide]
\end{frame}
}
\begin{document}
\begin{frame}
\frametitle{Plan}
\tableofcontents
\tableofcontents[hideallsubsections]
\end{frame}
\section{Une 1\iere{} section}
\subsection{Une 1\iere{} sous-section de la 1\iere{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 2\ieme{} sous-section de la 1\iere{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 3\ieme{} sous-section de la 1\iere{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\section{Une 2\ieme{} section}
\subsection{Une 1\iere{} sous-section de la 2\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 2\ieme{} sous-section de la 2\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 3\ieme{} sous-section de la 2\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\section{Une 3\ieme{} section}
\subsection{Une 1\iere{} sous-section de la 3\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 2\ieme{} sous-section de la 3\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 3\ieme{} sous-section de la 3\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\section{Une 4\ieme{} section}
\subsection{Une 1\iere{} sous-section de la 4\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 2\ieme{} sous-section de la 4\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 3\ieme{} sous-section de la 4\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\section{Une 5\ieme{} section}
\subsection{Une 1\iere{} sous-section de la 5\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 2\ieme{} sous-section de la 5\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\subsection{Une 3\ieme{} sous-section de la 5\ieme{} section}
\begin{frame}
\end{frame}
\end{document}
