Il est fort possible que cela vienne d'un terme du glossaire dont le nom (attribut `name`) provoque une erreur lors de la tentative de classement par ordre alphabétique. Il devrait suffire d'ajouter un attribut `sort` pour indiquer quelle chaîne de caractères (en ASCII) doit être utilisée pour le classement.
Pour plus de détails, cf. par exemple pages 101 à 103 de [ce document][1].
Mise à jour :
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L'ECM ajouté à la question met en évidence que le problème vient bien de l'impossibilité de classement, comme l'indique le message d'erreur complet de `xindy` :
Possible cause of problem:
Sort key required for entries only containing command names.
Attempting to determine which entries have problem sort keys.
Parsing 'test.acn'
1 problematic entry found:
Label: 'delt'. Sort value : '$\\delta $'
(Try adding sort={delt} to the definition.)
et il suffit donc pour s'en sortir d'ajouter, en option `sort=delta` :
\newacronym[sort=delta]{delt}{$\delta$}{déplacement chimique}
Ceci étant, je pense que le recours à `\newacronym` n'est pas approprié dans ce cas puisqu'il s'agit, non pas d'un acronyme, mais d'un symbole. Or, la classe `yathesis` employée fournit justement pour cela la commande `\newglssymbol[⟨classement⟩]{⟨label⟩}{⟨symbole⟩}{⟨nom⟩}{⟨description⟩}` (cf. section 3.8, page 34 de la documentation de cette classe) qui pourrait ici être employée ainsi :
\newglssymbol[delta]{delt}{\ensuremath{\delta}}{déplacement chimique}{}
La liste des symboles est obtenue grâce à la commande `\printsymbols`.
[1]: http://gte.univ-littoral.fr/members/dbitouze/pub/latex/diapositives-cours-d/conference-n-7/downloadFile/file/en-ligne7.pdfhttp://gte.univ-littoral.fr/members/dbitouze/pub/latex/diapositives-cours-d/conference-n-7/downloadFile/file/en-ligne7.pdf
