Puisque la classe `yathesis` fait ses entête et pieds de page avec `titleps`, il suffit de rajouter ceci à votre préambule:
préambule :
\makeatletter%
\renewpagestyle{mainmatter}[]{%
\ifthenelse{\equal{\YAD@interligne}{single}}{%
\singlespacing%
}{%
\ifthenelse{\equal{\YAD@interligne}{double}}{%
\doublespacing%
}{%
\onehalfspacing%
}%
}%
\sethead[]%
[]%
[\YAD@chapter@header]%
{%
\ifthenelse{%
\equal{\sectiontitle}{}%
}{%
\YAD@chapter@header%
}{%
\YAD@section@header%
}%
}%
{}%
{}%
\setfoot{}{\thepage}{}%
\headrule%
\resettocdepth*%
\setsecnumdepth{\YAD@secnumdepth}%
\YAD@setfoot%
}%
\makeatother
Il y a deux problèmes : d'abord, la classe utilise `8` styles de page où figure le numéro de page. Il faudra donc modifier tous ceux qui sont utilisés de la même façon. Ce qui a été fait est de copier le contenu de `\newpagestyle{mainmatter}{…………}`, de supprimer les mentions de `\thepage` dans `\sethead{…}`, de rajouter le `\setfoot{}{\thepage}{}`, de remplacer `\newpagestyle{` par `\renewpagestyle{` et enfin de mettre tout ça entre `\makeatletter` et `\makeatother`.
Si l'on ne veut pas encombrer son préambule, on peut mettre les modifications dans un fichier de configuration `thesis.cfg` (pas le couple `\makeatletter … \makeatother`) et de placer celui-ci dans un sous-dossier `configuration` (cf. § 7.4 de la documentation, p. 59).