Voici une solution. On peut redéfinir le réglage de l’entête grâce à l'extension `fancyhdr`. Par exemple
exemple :
\fancypagestyle{mainmatter}{%
\fancyhf{}
\fancyhead[RE]{\slshape\leftmark}
\fancyhead[LO]{\slshape\rightmark}
\fancyfoot[C]{\thepage}
\renewcommand{\headrulewidth}{1pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}}
**Exemple compilable**
\documentclass[space=onehalf, 12pt, twoside, a4paper]{yathesis}
\usepackage{mwe} % just for the example
\usepackage{fancyhdr}
\fancypagestyle{mainmatter}{%
\fancyhf{}
\fancyhead[RE]{\slshape\leftmark}
\fancyhead[LO]{\slshape\rightmark}
\fancyfoot[C]{\thepage}
\renewcommand{\headrulewidth}{1pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}}
\begin{document}
\mainmatter
\blinddocument
\blinddocument
\blinddocument
\end{document}
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**Mis à jour** suite aux commentaires de Bernard. Voici une autre solution. L'idée est d'utiliser la commande `\patchcmd` de l'extension `etoolbox` pour redéfinir les commandes internes `\ps@PAGESTYLE`
\documentclass[space=onehalf, 12pt, twoside, a4paper]{yathesis}
\usepackage{mwe} % just for the example
\makeatletter
\newcommand{\mtpatchcmd}[1]{%
\expandafter\patchcmd\csname ps@#1\endcsname{\thepage}{}{}{}%
\expandafter\patchcmd\csname ps@#1\endcsname{\thepage}{}{}{}}
\renewcommand*{\YAD@setfoot}{\footrule\setfoot{}{\thepage}{}}
\makeatother
\mtpatchcmd{preliminary}
\mtpatchcmd{ordinary}
\mtpatchcmd{mainmatter}
\mtpatchcmd{appendix}
\mtpatchcmd{biblio}
\mtpatchcmd{backmatter}
\mtpatchcmd{contents}
\mtpatchcmd{glossaire}
\mtpatchcmd{index}
\begin{document}
\mainmatter
\blinddocument
\blinddocument
\blinddocument
\end{document}
