Avec les classe classes standard, le problème de titres trop longs peut être réglé au moyen des arguments optionnels des commandes de structuration. Ces arguments optionnels figureront à la place des arguments obligatoires correspondants dans la table des matières et en titres courants (entêtes) :
\documentclass[french]{book}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{lipsum}
\usepackage[a4paper]{geometry}
\usepackage{babel}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Voici un intitulé de chapitre vraiment très long et ça va être moche
dans la table des matières et en titres courants}
\lipsum[1-20]
\chapter[Version courte de l'intitulé]{Voici un intitulé de chapitre vraiment
très long mais ça ne va pas être moche dans la table des matières ni en titres
courants grâce à l'usage de l'argument optionnel de la commande de
sectionnement}
\lipsum[1-20]
\end{document}
