Très simple avec `titlesec` :
\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{titlesec}
\titlelabel{\oldstylenums{\thetitle}. }
\titlelabel{\oldstylenums{\thetitle}.\,}
\begin{document}
\section{Toto}\label{sec:toto}
Une référence vers~\ref{sec:toto}.
\end{document}
![alt text][1]
Cela dit, si je puis me permettre de donner mon avis, ce n'est pas très heureux, typographiquement. Je verrais plutôt l'inverse.
[1]: http://texnique.fr:80/osqa/upfiles/liningnumref.pnghttp://texnique.fr:80/osqa/upfiles/liningnumref_mlRKgmg.png
