Il suffit de redéfinir le style de page. J'ai supposé que la question concernait les en-tête du « main matter ». Hormis que la compilation ne se déroule pas bien (problème avec `hyperref` entre autres), indépendamment de toute modification, je peux obtenir le résultat souhaité en ajoutant l'option `oneside` à la classe de document, et en redéfinissant le style de page `mainmatter`:
\documentclass[12pt,space=onehalf,version=final, oneside]{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lipsum} % À proscrire dans un vrai mémoire de thèse !
\usepackage{kpfonts}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{floatrow}
\usepackage{caption}
\usepackage{listings}
\usepackage{microtype}
\usepackage{varioref}
\usepackage[xindy,quiet]{imakeidx}
\usepackage[autostyle]{csquotes}
\usepackage[backend=biber,safeinputenc]{biblatex}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[xindy,acronyms,symbols]{glossaries}
\title{Un mémoire}
\author{Oublié}
\institute{Institut Myosotis}
\makeatletter
\renewpagestyle{mainmatter}[]{%
\ifthenelse{\equal{\YAD@interligne}{single}}{%
\singlespacing%
}{%
\ifthenelse{\equal{\YAD@interligne}{double}}{%
\doublespacing%
}{%
\onehalfspacing%
}%
}%
\sethead
{\YAD@chapter@header}%
{}%
{\thepage}%
\headrule%
\resettocdepth*%
\setsecnumdepth{\YAD@secnumdepth}%
\YAD@setfoot%
}
\makeatother%
\begin{document}
\maketitle
\tableofcontents[depth=subsection,name=Sommaire]
\mainmatter
\chapter{Premier chapitre}\label{ch:1}
\section{Section1}
\lipsum[130-245]
\section{Section2}
\lipsum[30-350]
\chapter{Deuxième chapitre}\label{ch2:}
\section{Section1}
\lipsum[30-454]
\section{Section2}
\lipsum[20-350]
\end{document}
<img src="/upfiles/pbyathesis1.png" style="width: 100%;"/>80%;"/>
