L'origine du bug a été identifiée. En attendant une mise à jour de la classe `yathesis`, vous pouvez copier le fichier `yathesis.cls` dans votre répertoire de travail et y remplacer :
- ligne 469 : `\edef\@classoptionslist{\YAD@mainlanguage}%` par `\edef\@classoptionslist{\YAD@secondarylanguage,\YAD@mainlanguage}%`
- ligne 471 : `\edef\@classoptionslist{\YAD@mainlanguage,\@classoptionslist}%` par `\edef\@classoptionslist{\YAD@secondarylanguage,\YAD@mainlanguage,\@classoptionslist}%`.
La dernière mise à jour de `yathesis` avait procédé au remplacement inverse pour éviter un problème de règles typographiques anglaises pas appliquées aux formes plurielles des formes courtes des acronymes. [Mais l'origine semble provenir d'un bug des packages `glossaries` et `glossaries-extra`][1] que 'espère j'espère voir réglé rapidement.
[1]: https://www.dickimaw-books.com/bugtracker.php?key=316&anchor=316
