La meilleure solution consiste à réencoder votre fichier source en UTF8.
Mais si vous tenez à conserver votre vieil encodage, charger les packages avant d'appeler `luainputenc`:
```
    %!TEX engine=lualatex
    \documentclass[french]{article}
    \usepackage{fontspec} 
    \usepackage{babel}
    \usepackage[latin1]{luainputenc}
    \begin{document}
    \tableofcontents
    \section{La section}
    \end{document}
```