La meilleure solution consiste à réencoder votre fichier source en UTF8.
Mais si vous tenez à conserver votre vieil encodage, charger les packages avant d'appeler `luainputenc`:
```
%!TEX engine=lualatex
\documentclass[french]{article}
\usepackage{fontspec}
\usepackage{babel}
\usepackage[latin1]{luainputenc}
\begin{document}
\tableofcontents
\section{La section}
\end{document}
```