Pour la 1<sup>re</sup> question, ça me semble en effet être un bug. On peut s'en sortir en ajoutant *en préambule* :
\AddToHook{cmd/YAD@printbibliography@ORI/before}{%
\renewcommand*\href[3][]{%
\hyperref{#2}{}{}{#3}%
}%
}
juste soit en préambule, soit juste avant la bibliographie comme l'[exemple complet minimum][1] suivant :
\begin{filecontents}[overwrite]{\jobname.bib}
@article{bibkey,
title = {A Title},
author = {An Author},
date = {2016-04},
journaltitle = {A Journal},
doi = {10.1007/s00216-015-9200-6},
urldate = {2022-01-25},
}
\end{filecontents}
\documentclass[output=paper]{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{biblatex}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\addbibresource{\jobname.bib}
\AddToHook{cmd/YAD@printbibliography@ORI/before}{%
\renewcommand*\href[3][]{%
\hyperref{#2}{}{}{#3}%
}%
}
\begin{document}
\cite{bibkey}
\href{https://www.ctan.org/}{Comprehensive \TeX{} Archive Network}
\renewcommand*\href[3][]{%
\hyperref{#2}{}{}{#3}%
}
\printbibliography
\end{document}
Pour la 2<sup>e</sup> question, je suppose que vous utilisez l'export automatique de la base Zotero en fichier `.bib` au moyen de `Better BibLaTeX`. Je vous conseille alors d'exclure de l'export le champ `urldate` (ainsi que les champs `abstract` et `file`) en procédant comme indiqué par exemple au transparent 193 de [ce document][2].
Pour la 3<sup>e</sup> question, on peut voir dans le fichier `.bib` que l'entrée correspondante contient le champ :
pubstate = {preprint}
Une possibilité consiste à exclure également de l'export le champ `pubstate` selon la procédure ci-dessus.
[1]: https://texnique.fr/osqa/faq/#custom-id-ecm
[2]: https://dgxy.link/en-ligne6https://dgxy.link/en-ligne6
