Ces pages vides apparaissent parce que la classe `yathesis` considère une thèse comme un livre (elle emploie en sous-main la classe `book`) donc avec pagination en recto verso, recto-verso, ce qui a entre autre autres comme effet de faire systématiquement commencer les chapitres sur une page impaire (de droite).
Comme indiqué à la page 50 (actuellement) de la documentation de `yathesis`, il suffit de passer à cette classe l'option `oneside` pour avoir une pagination en recto seulement : alors, les chapitres commenceront indifféremment sur une page paire ou impaire.