Oui, ce genre de conflit est plus ou moins inévitable quand on utilise des noms courts. On peut aussi mettre juste après le \documentclass `\documentclass` le code suivant :
\newcommand*\lettrefax{}
\let\lettrefax\fax
\let\fax\undefined
De la sorte la commande \fax `\fax` de lettre continue a être disponible comme \lettrefax. `\lettrefax`. Mais ça peut par contre poser des pb problèmes si dans votre fichier « institut » il y a un appel à \fax.`\fax`.