Vous n'avez pas besoin d'extension de `morewrites` avec lualatex. Vous pouvez éviter de le charger l'extension avec :
% !TeX TS-program = lualatex
\makeatletter
\@namedef{ver@morewrites.sty}{}%
\makeatother
\documentclass{yathesis}
\begin{document}
hello
\end{document}
