Avec l'extension `environ` :
\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{environ}
\usepackage{amsmath, empheq}
\NewEnviron{system}{
\begin{subequations}
\begin{empheq}[left=\empheqlbrace]{alignat=2}
\BODY
\end{empheq}
\end{subequations}
}
\begin{document}
\begin{system}
x & + y & & = 2 \\
x & & & = 1 \\
& & 2z & = 4
\end{system}
\end{document}
