Le problème du document est la présence de la commande `\paragraph*{}` qui perturbe les entetes lors de la mise en page comme on peut le voir ci dessous. En la remplaçant par `\paragraph{}` tout rentre dans l'ordre
Exemple comportant un `\paragraph*{}`:
\documentclass[secnumdepth=subsubsection,12pt,space=onehalf,fncychap=Bjornstrup]{yathesis}
\documentclass{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{kpfonts}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{floatrow}
\usepackage{caption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{listings}
\usepackage{microtype}
\usepackage{subfig}
\usepackage{varioref}
\usepackage{multirow}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{array}
\usepackage{chemformula}
\usepackage{xcolor}
\usepackage[xindy,quiet]{imakeidx}
\usepackage[autostyle]{csquotes}
\usepackage[backend=biber,sorting=none,style=numeric-comp]{biblatex}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[xindy,acronyms,symbols]{glossaries}
\makeindex
\makeglossaries
\usepackage{mwe}
\begin{document}
\tableofcontents[depth=subsubsection,name=Table des matières]
\mainmatter
\chapter{Bibliographie générale}
\paragraph*{}
\lipsum[1-15]
\section{blabla}
\lipsum[1-20]
\paragraph*{}
\lipsum[1-20]
\chapter{Applications}
\end{document}
Le même exemple avec `\paragraph{}` :
\documentclass[secnumdepth=subsubsection,12pt,space=onehalf,fncychap=Bjornstrup]{yathesis}
\documentclass{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{kpfonts}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{floatrow}
\usepackage{caption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{listings}
\usepackage{microtype}
\usepackage{subfig}
\usepackage{varioref}
\usepackage{multirow}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{array}
\usepackage{chemformula}
\usepackage{xcolor}
\usepackage[xindy,quiet]{imakeidx}
\usepackage[autostyle]{csquotes}
\usepackage[backend=biber,sorting=none,style=numeric-comp]{biblatex}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[xindy,acronyms,symbols]{glossaries}
\makeindex
\makeglossaries
\usepackage{mwe}
\begin{document}
\tableofcontents[depth=subsubsection,name=Table des matières]
\mainmatter
\chapter{Bibliographie générale}
\paragraph{}
\lipsum[1-15]
\section{blabla}
\lipsum[1-20]
\paragraph{}
\lipsum[1-20]
\chapter{Applications}
\end{document}
