Le problème est que les deux entrées.
entrées :
\mynewacronym{aoleate}{$\alpha$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,6}$}{$\alpha$-CD-oléate de méthyle}{$\alpha$-CD with methyl oleate}
\mynewacronym{boleate}{$\beta$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,6}$}{$\beta$-CD-oléate de méthyle}{$\beta$-CD with methyl oleate}
... sont presque identiques pour *glossaries* : `[$\alpha$]-CD-oléate de méthyle` et `[$\beta$]-CD-oléate de méthyle`
donc méthyle`. Donc une seule entrée est ajoutée à la liste.
Pour des telles raisons l'extension *glossaries* a fournée un attribut `sort` fournit l'attribut `sort`, qui permet de personnaliser le classement par ordre alphabétique.
**Voici une solution.**
\newcommand{\mynewacronym}[5][]{%
\newacronym[#1,plural={#3},firstplural={#5 (#3)}]{#2}{#3}{#4}}
\mynewacronym[sort=alpha]{aoleate}{$\alpha$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,6}$}{$\alpha$-CD-oléate de méthyle}{$\alpha$-CD with methyl oleate}
\mynewacronym[sort=beta]{boleate}{$\beta$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,6}$}{$\beta$-CD-oléate de méthyle}{$\beta$-CD with methyl oleate}
\mynewacronym[sort=gamma]{goleate}{$\gamma$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,8}$}{$\gamma$-CD-oléate de méthyle}{$\gamma$-CD with methyl oleate}
\mynewacronym{roleate}{RAME-$\beta$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{0,9}$}{Rame-$\beta$-CD-oléate de méthyle}{Rame-$\beta$-CD with methyl oleate}
**Exemple complet**
\documentclass[12pt]{book}
\usepackage{kpfonts}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[english,french]{babel}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{chemformula}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[xindy,acronyms,symbols]{glossaries}
\newcommand{\mynewacronym}[5][]{%
\newacronym[#1,plural={#3},firstplural={#5 (#3)}]{#2}{#3}{#4}}
\mynewacronym[sort=alpha]{aoleate}{$\alpha$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,6}$}{$\alpha$-CD-oléate de méthyle}{$\alpha$-CD with methyl oleate}
\mynewacronym[sort=beta]{boleate}{$\beta$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,6}$}{$\beta$-CD-oléate de méthyle}{$\beta$-CD with methyl oleate}
\mynewacronym[sort=gamma]{goleate}{$\gamma$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{1,8}$}{$\gamma$-CD-oléate de méthyle}{$\gamma$-CD with methyl oleate}
\mynewacronym{roleate}{RAME-$\beta$-CD[OM(\ch{CO2H})]$_{0,9}$}{Rame-$\beta$-CD-oléate de méthyle}{Rame-$\beta$-CD with methyl oleate}
\makeindex
\makeglossaries
\begin{document}
\printacronyms
\glsresetall
\selectlanguage{English}
\let\gls\glspl
\chapter{Experimental part}
\section{\gls{aoleate}}
blabla
\section{\gls{boleate}}
blabla
\section{\gls{goleate}}
blabla
\section{\gls{roleate}}
blabla
\end{document}
**Remarque** Il est fortement recommandé de ne pas utiliser les commande `\gls...` dans les titres de sections ...sections.
